南通大学于2004年5月由南通医学院、南通工学院、南通师范学院三校合并成立，南通大学工会于2004年10月组建成立。

南通大学按时召开教职工代表大会与工会会员代表大会。教代会下设执行委员会、提案工作委员会、校务民主管理和监督委员会；工代会下设工会委员会、经费审查委员会。工会设置组织宣传部、女工部、青年工作部、文艺体育部、生活福利部。工会现有专职干部7名，兼职干部36名，会员3300余名；下设33个分工会和2个直属工会小组。南通大学工会实行分工会主席例会制度、专兼职工会干部培训制度等，切实加强自身建设，提高工作与服务水平。

南通大学工会在校党委和上级工会的领导下，坚持中国特色社会主义工会发展道路，主动围绕学校大局和中心工作，坚持以建设教职工信赖的教职工之家和贯彻全心全意依靠教职工办学为主线，以构建和谐校园为重点，以生动活泼形式多样的活动为载体，体现工会特色。积极引导广大教职工发扬主人翁精神，立足岗位，建功立业，发挥桥梁纽带作用，为学校的建设和发展做出了积极贡献。

南通大学工会曾获“全国教育系统先进集体”“全国模范职工之家”“江苏省教科系统模范职工之家”“江苏省五一劳动奖状”“江苏省模范职工小家”“江苏省巾帼文明示范岗”“江苏妇女儿童工作先进集体”“南通市模范职工之家”“南通市教育系统模范职工之家”等荣誉称号。（数据截至2024年9月）